양도소득세 장기보유특별공제 개편, 2029년 보유공제 폐지·거주공제 최대 80%
10년을 넘게 보유했지만 실제로 살지는 않은 1주택자라면, 지금은 40%까지 받던 양도세 장기보유특별공제의 '보유' 부분이 정부안대로면 2029년 양도분부터 0%가 됩니다. 거주 공제까지 합쳐도 10년 보유·2년 거주 기준 공제율이 48%에서 16%로 내려가는데, 양도차익이 10억원이라면 공제액이 약 3억2천만원 줄고, 여기에 현행 양도세 최고세율(소득세법 제55조 제1항, 45%, 2026년 1월 1일 시행)을 단순 적용하면 실제 양도세가 약 1억4천만원 늘어나는 셈입니다(지방소득세 별도). '사라지는 3억2천만원'은 세금이 아니라 공제액이고, 실제로 더 내는 세금은 그보다 작다는 점을 먼저 짚어 둡니다.
다만 이건 **2026년 8월 3일 발표된 정부 세제개편안(정부안)**이고, 국회 통과와 공포 전이라 아직 확정이 아닙니다. 오늘(2026년 8월 4일)부터 신고하는 양도분은 여전히 현행 소득세법 제95조가 기준입니다. 아래 숫자는 "이대로 입법되면 이렇게 된다"는 예고편으로 읽어 주시고, 매도 시점이 2027년 이후에 걸치는 분이라면 특히 방향을 미리 확인해 두는 편이 좋습니다.
보유 중심에서 거주 중심으로 무게추가 옮겨간다.
결론부터
정부안의 핵심은 "얼마나 오래 보유했나"에서 "얼마나 오래 거주했나"로 공제 기준을 옮기는 것입니다. 1세대1주택자의 합산 최대 공제율은 세 해 모두 80%로 같지만, 그 80%를 채우는 방법이 달라집니다. 실거주 기간이 짧을수록 손해가 커지는 구조입니다.
| 연도(양도분) | 보유 공제 | 거주 공제 | 합산 최대 | 근거 |
|---|---|---|---|---|
| 2027년 | 연 4% / 최대 40% | 연 4% / 최대 40% | 80% | 현행 유지 (소득세법 제95조 제2항) |
| 2028년 | 연 2% / 최대 20% | 연 6% / 최대 60% | 80% | 개편안 (2026 세제개편안) |
| 2029년 이후 | 폐지 | 연 8% / 최대 80% | 80% | 개편안 (2026 세제개편안) |
세 해 모두 위 표의 공제는 거주 2년 이상 등 요건을 갖춘 1세대1주택을 전제로 한 값입니다. 거주 요건을 채우지 못하면 현행에서도 거주 공제가 빠지고 보유 공제만 적용되는데, 보유 공제가 사라지는 2029년에는 남는 공제 자체가 줄어듭니다. 조정대상지역 다주택 중과처럼 장기보유특별공제가 아예 배제되는 경우는 이 표가 적용되지 않습니다.
이름부터 '장기거주소득공제'로 바뀐다
지금의 제도 이름은 '장기보유특별공제'입니다. 오래 보유한 자산의 양도차익 중 일부를 과세 대상에서 빼 주는 제도로, 현행 소득세법 제95조 제2항(2026년 1월 1일 시행)에 근거합니다. 1세대1주택은 보유 기간에 따라 3년 12%부터 10년 이상 40%까지, 거주 기간에 따라 2년 이상 8%부터 10년 이상 40%까지를 더해 최대 80%를 공제받습니다.
정부안은 이 제도를 자산 종류에 따라 둘로 나눕니다. 주택은 '장기거주소득공제', 주택이 아닌 자산은 '장기보유소득공제'로 이원화합니다. 이름에서 드러나듯 주택은 '보유'가 아니라 '거주'를 중심에 두겠다는 것입니다. 다만 이 방안은 2026년 8월 3일 발표된 세제개편안 단계로, 8월 4일부터 8월 20일까지 입법예고를 거쳐 국무회의와 국회 심의를 남겨 두고 있습니다. 개정이 확정되기 전까지는 이름도 공제율도 현행 그대로입니다.
2027년 유지, 2028년 혼용, 2029년 보유공제 폐지
전환은 한 번에 오지 않고 세 단계로 나뉩니다. 2027년 양도분은 현행이 그대로 유지됩니다. 보유 연 4%(최대 40%)에 거주 연 4%(최대 40%)를 더해 최대 80%입니다.
2028년 양도분부터 무게추가 옮겨갑니다. 보유 공제가 연 2%(최대 20%)로 절반이 되고, 대신 거주 공제가 연 6%(최대 60%)로 커집니다. 2029년 이후 양도분에서는 보유 공제가 완전히 폐지되고, 거주 공제만 연 8%(최대 80%)로 남습니다. 세 해 모두 합산 최대는 80%로 같지만, 실거주 없이 보유만 한 사람에게는 공제가 급격히 줄어드는 결과가 됩니다. 각 단계는 해당 연도의 양도분부터 적용되며 취득 시점과는 무관한 것으로 안내되고 있으나, 세부 경과규정은 확정된 개정 조문을 확인해야 합니다.
보유 기간이 길수록, 실거주가 짧을수록 감소 폭이 크다.
10년 보유·2년 거주면 공제율이 이렇게 줄어든다
가장 크게 체감하는 쪽은 오래 보유했지만 실거주가 짧은 사람입니다. 10년 보유·2년 거주한 1세대1주택(조정대상지역 중과나 공제 배제가 없고, 뒤에 설명할 공제 한도는 적용 전 단계라고 가정)을 예로 공제율만 계산하면 다음과 같습니다.
계산 예시 — 공제율만 단순 적용
- 2027년: 보유 10년 → 40% + 거주 2년 → 8%(2년 × 4%) = 48%
- 2028년: 보유 10년 → 20%(연 2%) + 거주 2년 → 12%(2년 × 6%) = 32%
- 2029년: 보유 폐지 → 0% + 거주 2년 → 16%(2년 × 8%) = 16%
양도차익이 10억원이라고 가정하면, 공제받는 금액은 2027년 약 4억8천만원(48%)에서 2029년 약 1억6천만원(16%)으로, 약 3억2천만원 줄어듭니다. 여기서 주의할 것은 **줄어드는 3억2천만원은 '세금'이 아니라 '공제액'**이라는 점입니다. 공제가 줄면 그만큼 과세표준(세율을 곱하기 직전의 금액)이 3억2천만원 늘고, 실제 더 내는 세금은 이 늘어난 과세표준에 세율을 곱한 값입니다.
늘어난 과세표준 3억2천만원이 전부 최고 구간에 걸린다고 보고 현행 양도세 기본세율의 최고세율 45%(소득세법 제55조 제1항, 같은 법 제104조 제1항 제1호가 준용, 2026년 1월 1일 시행)를 곱하면, 양도세는 약 1억4천만원 늘어납니다. 양도세의 10%인 지방소득세까지 더하면 약 1억5천만원대가 됩니다. 공제액 감소분(3억2천만원)과 실제 세금 증가분(약 1억4천만원)은 이렇게 규모가 다릅니다.
다만 이 값에는 전제가 있습니다. 첫째, 거주 2년을 거주 공제가 시작되는 최소 요건으로 가정했습니다. 둘째, 개편안의 정밀한 거주기간 구간표는 아직 확인되지 않아 연 6%·8%를 단순 곱해 계산한 값이며, 확정된 표와 다를 수 있습니다. 셋째, 양도차익 10억원은 이해를 돕기 위한 가정치일 뿐 특정 아파트의 실제 시뮬레이션이 아닙니다. 넷째, 세금 증가액은 늘어난 과세표준 전체에 최고세율 45%를 곱한 상한선 값입니다. 과세표준이 더 낮은 구간에 걸리거나 누진 구조·다른 공제를 반영하면 실제 증가액은 이보다 작아집니다. 방향과 크기의 감을 잡는 용도로만 봐 주시기 바랍니다.
다주택·비조정지역 주택과 공제 한도 신설
다주택자에게도 변화가 예고됐습니다. 비조정대상지역 주택은 현행에서 보유 3년 이상부터 보유 기간에 따라 연 2%(최대 30%)를 공제받는데, 정부안은 이를 2년 이상 거주한 부분에 대해 거주 연 2%(최대 30%)를 적용하는 방식으로 바꿉니다. 여기서도 '보유'가 '거주'로 옮겨가는 흐름은 같습니다. 반면 조정대상지역에 있는 다주택 주택은 현행과 마찬가지로 장기보유특별공제가 적용되지 않는 상태가 유지됩니다.
또 하나 눈여겨볼 것은 지금까지 없던 공제 한도가 새로 생긴다는 점입니다. 정부안은 2028년에 개인별(연간)과 양도 물건별로 각각 20억원의 공제 한도를 두고, 2029년 이후에는 이를 각각 10억원으로 낮춥니다. 공제 금액이 이 한도를 넘어가는 고액 양도라면 공제율만 계산해서는 안 되고 한도까지 함께 따져야 합니다. 참고로 종합부동산세의 1주택 기본공제를 12억원에서 14억원으로 올리는 방안이 함께 거론되지만, 그건 보유세인 종합부동산세법 개편으로 이번 양도세 공제와는 별개 세목이니 섞지 않는 편이 좋습니다. 종부세 쪽은 종부세 개편안 정리 글에서 따로 다뤘습니다.
고액 양도라면 공제율뿐 아니라 새로 생기는 한도까지 함께 따져야 한다.
지금 점검할 것 — 실거주 여부와 매도 시점
당장 오늘 신고하는 양도분은 현행 소득세법 제95조가 그대로 적용됩니다. 그러니 확정되지도 않은 개편안에 놀라 서둘러 매도할 필요는 없습니다. 대신 두 가지를 미리 점검해 두면 좋습니다. 첫째는 실거주 기간입니다. 개편안은 거주에 무게를 싣기 때문에, 보유만 하고 살지 않은 주택일수록 시간이 갈수록 공제가 불리해집니다. 실거주 요건을 채울 여지가 있는지, 채운다면 언제까지인지 확인해 두는 편이 좋습니다.
둘째는 매도 시점입니다. 2027년, 2028년, 2029년 양도분의 공제율이 서로 다르므로, 매도 시기가 연말·연초에 걸친다면 어느 연도 양도분으로 잡히는지에 따라 결과가 달라질 수 있습니다. 다만 확정 전이므로 시점만 보고 결정하기보다는, 입법 경과를 지켜보며 확정 조문이 나온 뒤 세무 전문가와 함께 판단하는 것이 안전합니다. 입법예고는 2026년 8월 20일까지, 차관회의(8월 27일)와 국무회의(9월 1일)를 거쳐 정기국회에 제출되며, 연말인 12월 초까지 확정되는 일정으로 안내되고 있습니다(일정 출처는 아래 ## 근거와 참고의 기획재정부 세제개편안 보도자료). 1세대1주택 비과세 자체가 성립하는지는 1세대1주택 양도세 비과세 요건 글을 먼저 확인해 보시기 바랍니다.
정리
- 정부안대로면 양도세 장기보유특별공제가 '거주' 중심으로 바뀌어, 2029년 양도분부터 보유 공제가 폐지되고 거주 공제만 최대 80% 남습니다.
- 10년 보유·2년 거주 1주택자의 단순 적용 공제율은 48%(2027) → 32%(2028) → 16%(2029)로, 정밀 구간표는 확정 조문 확인이 필요합니다.
- 아직 2026년 8월 3일 발표된 세제개편안 단계로 국회 통과 전이며, 지금 신고는 현행 소득세법 제95조가 기준입니다.
근거와 참고
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제95조 (장기보유특별공제, 2026년 1월 1일 시행)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제104조 · 제55조 (양도세율·기본세율 최고 45%, 2026년 1월 1일 시행)
- 기획재정부 — 2026년 세제개편안 발표(2026-08-03)
이 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 개별 사안에 대한 세무·법률 자문이 아닙니다. 실제 신고·계약 전에는 세무사·법무사 등 전문가와 상담하시기 바랍니다.